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猪液相芯片开发基因组选择效果分析

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讲师简介

丁向东

丁向东

中国农业大学副教授,博士生导师 中国畜牧兽医学会养猪学分会理事兼副秘书长 国家生猪产业技术体系岗位专家

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1. 国以农为本,农以种为先,种是农业芯片,育种是种业芯片,基因组选择已成为动植物育种的革命性技术。基因组选择是国家种业计划中的重要技术;是国家生猪遗传改良计划重要工作;也是国家猪基因组选择的重要计划,且该计划于2017年启动,7个高校、科研单位以及30多家育种企业参与其中。

2. 基因组选择的核心是利用动物个体基因组中的高密度遗传标记进行个体育种值估计;基因组选择的关键点:(1)参考群体构建(2)SNP高通量分型技术(3)基因组育种值估计方法(4)基因组遗传评估平台(5)基因组选种。SNP标记高通量分型技术是实现基因组选择的前提条件。

3. 全国首款猪高密度50K SNP液相芯片相比于固相芯片,具有很多优点:(1)对样本量无要求(2)位点定制比较灵活(3)可实现基因定位、性状评估、品种鉴定、亲子鉴定等功能服务(4)价格相对低廉。液相50K芯片可用于全基因组关联分析、种质资源评估和基因组选择,其基因型填充准确性高,并与其他多款芯片具有很好的相容性。

4. 三款猪50K SNP芯片基因型填充可以解决不同芯片的共用问题,无论液相50K芯片做参考群体还是填充群体,其填充准确性均最高,合并填充时能增加标记,但准确性低于直接填充。

5. 液相芯片基于单倍型的基因组选择准确性得到提升,靶向block基因组选择准确性最高,相较液相50K芯片,提升较大。

6. 猪基因组选择需要注意的几个关键点:(1)参考群体1000头以上(2)检测速度要快(3)检测价格低;虽然我国猪基因组选择实施有困难,但也提出了新思路和新策略,新策略优势:(1)减少了性能测定数量(2)加快了遗传进展(3)增加种猪销售收入(4)提高系谱准确性(5)树立了企业品牌。‘先低后高,先多后少‘的新策略可以加快我国猪基因组选择的育种应用。


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